农业面源污染防治的指导理念是绿色发展，实现农业绿色发展、提升农产品的质量，有利于解决新时代社会主要矛盾在农业领域的表现，而解决矛盾就要防治农业面源污染，营造良好的农业生产环境。
在我国，农业环境面源污染的原因有经管理念与生产方法落后等，比如使用剧毒农药、施肥太多、在田间丢弃农膜等。
一、农业面源污染防治的指导理念
1、绿色发展理念是农业面源污染防治的指导理念，实现农业绿色发展以及提升农产品的品质，是解决新时代社会主要矛盾在农业领域表现的重要途径，解决矛盾的前提是对农业面源污染进行有效防治，从而提升农业生产系统环境质量。
2、农业面源污染和农业点源污染相比，面源污染的时空范围更广、不确定性更大、成分和过程更复杂，更难以控制。在我国农业活动中，非科学的经管理念以及落后的生产方法是造成农业环境面源污染的重要因素，比如使用剧毒农药、过量施肥、露天焚烧秸秆、把不能降解的农膜弃于田间中、养殖场中的粪便不做无公害处理等举动。
二、农业面源污染主要包括
1、农业面源污染主要来源是农村农作物生产过程中产生的废弃物。
2、包含农业生产过程中不合理使用而流失的农药、化肥、残留在农田中的农用薄膜和处置不当的畜禽粪便、恶臭气体以及不科学的水产养殖等产生的水体污染物。
