洋葱头腐烂原因包括病害因素、生理性病害因素、虫害因素（主要为葱蛆或根蛆）等。
病害：播种前对种子、土壤消毒，加强田间管理，发病后及时拔除病株并喷药防治。
生理性病害：及时补施肥料，尤其注意补施微量元素肥，同时加强收获储藏管理。
虫害：越冬前将杂草和残株清理干净，虫害爆发期时使用杀虫剂进行防治。
一、病害引发腐烂
1、原因
（1）在洋葱种植时会遭受多种病害的侵扰，这些危害洋葱的正常生长发育，严重者造成植株大量的死亡。
（2）而造成洋葱头腐烂的病害有非常多，如洋葱干腐病、洋葱干腐病、洋葱球茎腐烂病、洋葱黑曲霉病、洋葱黑曲霉病，这几种病害发作的特征不一，但在病情后期都会使洋葱头腐烂。
2、防治方式
（1）对于病害的防治一定要重视，在种植前对土壤和种子进行消毒处理，消除在土壤中以及种子携带的病菌，种植时加强肥水管理，增施磷钾肥，提高抗病力。
（2）发现部分病株及时拔除带出田间，对病穴进行消毒处理，在喷洒相对应的药剂防治。
二、生理性病害引发腐烂
1、原因
（1）所谓的生理性病害是指洋葱在种植时因管理不当造成的一些病害，比如洋葱在缺乏钙物质时，会造成洋葱头腐烂现象；在洋葱储藏时出现发芽现象，导致养分被大量消耗，造成鳞茎发软中空，引起腐烂。
（2）在洋葱鳞茎生长后期，出现叶片、叶尖发黄，导致没有新叶补充叶鞘而引发中空，引得叶鞘松动，在浇水或下雨时，水流入鳞茎内，造成细菌感染而腐烂。
（3）另外在种植、收获以及储藏时因某种原因造成机械损伤，也会导致病菌感染造成腐烂；还有储藏的环境不适，温度和湿度较高，使的洋葱发芽、生根，造成腐烂。
2、防治方式
根据各个造成腐烂的原因“对症下药”，进行防治，比如缺钙就要及时补钙，施肥时要适当的施用有机肥，保证微量元素的供应，最好种植、收获和储藏的管理，防止应以上原因出现腐烂的情况。
三、虫害引发腐烂
1、原因
虫害引起洋葱头腐烂的主要是葱蛆或根蛆，它们是洋葱在种植时常见的虫害，主要是幼虫时在低下危害，啃食鳞茎，导致洋葱不可正常生长，严重时叶片枯萎发黄、腐烂。
2、防治方式
（1）虫采用农业防治和药物防治相结合的方法，不到迫不得已尽可能不使用药物防治，在越冬前将田间的杂草和残留物全部清除，避免成虫产卵，或者调配诱杀药剂和诱引产卵，也可利用天敌防治。
（2）在虫害爆发期可用药物防治，但要注意药物的使用浓度和剂量，以免时洋葱产生药害。
