幼苗带菌：辣椒幼苗根系下扎较浅，若是种植前苗床没有做好消毒工作则会导致幼苗根系带菌。
土壤盐分高：土壤中有机质含量过低导致板结，植株无法正常进行呼吸。在施肥时，肥料没有完全腐熟，会导致土壤盐渍化。
多年连作：同一地块多年连续栽种一种作物，容易导致植株死棵。
其他原因：浇水时使用大水漫灌的方式也会导致植株死亡，需要以少水多浇的方式为主。
一、辣椒移栽成活率低是什么原因
1、幼苗带菌
（1）辣椒幼苗根系的下扎是比较浅的，相对于其它蔬菜来说，在辣椒幼苗期的时候要以养根为主。而非常多人在辣椒苗床期的时候，没有做好苗床的消毒工作。
（2）有的甚至还出现了幼苗旺长的现象，导致辣椒幼苗带菌，从而导致辣椒苗移栽后成活率。所以我们在购买辣椒苗的时候，不可够只看品种，要从根系生长情况、育苗基地等进行综合考虑，确保幼苗质量。
2、土壤盐分高
（1）我国大部分地区的土壤其有机质含量都是比较低的。而在种植辣椒的时候，土壤中有机质含量应至少有3%以上。如果有机物质含量低的话，那么会导致土壤通透性过低，出现板结现象，这也是导致辣椒幼苗移栽成活率低的主要原因之一。
（2）并且在使用农家肥的时候，如果没有充分腐熟，再加上如果超量使用氮磷肥，忽略钾肥的话。会导致土壤盐渍程度过重，严重影响幼苗的生长。因此在施入农家肥时，一定要让其充分腐熟，以有机肥为主，复合肥为辅。
3、多年连作
（1）多年连作也是导致辣椒移栽成活率的原因。例如如果在同一块地块上连续种植超过3年的话，那么辣椒是极易出现死棵现象的。
（2）而且有的地块虽然不是每年都连续种植辣椒，但是过度作物却选择的是番茄、茄子等作物。而这些作物对辣椒的生长也是会有所影响的。
（3）因此我们在轮作辣椒的时候，最好是选择白菜、花椰菜等十字花科或者是百合科的作物进行三年以上的轮作，可以有效提高其成活率。
4、其它原因
（1）在辣椒苗期浇水的时候，一定要注意浇水方式，如果大水漫灌的话，那么也是极易导致辣椒苗死亡的。浇水方式要以少水多浇为主，进行高垄栽培。
（2）由于浇水过多会导致田间湿度过大，尤其是低垄栽培的时候，极易导致辣椒幼苗根部出现缺氧沤根现而死苗。然后还可能是由于虫害造成的，通常发生在施入了未腐熟农家肥的田块中。害虫会危害辣椒根部的伤口，导致病菌侵染，出现死棵现象。
二、辣椒苗移栽注意事项
1、施足底肥
辣椒的施肥应本着施足基肥，早施缓苗肥，适施花果肥的原则。施肥应注意要离开植株基部浇施，防止伤根死苗。
2、练苗
辣椒苗定植前7—10天断水炼苗，根据温度，白天可以把薄膜解开，晚上可以根据天气预报及温度情况，半盖薄膜，定植前1天苗床浇一次透水。
3、移栽辣椒苗要看天、看地、看苗
（1）看天，就是在晴天的上午、傍晚或者阴天进行，最忌雨天移栽。
（2）看地，就是看土壤墒情，以黑墒移栽为宜。
（3）看苗，就是要选壮苗，移栽根系发达的苗子，能提高移栽苗的成活率。
4、合理密植
辣椒苗合理密植既能充分利用阳光和地力，使个体和群体得到协调发展，提高辣椒的品质。密度能改变小气候，以株增产，是夺取高产的一项重要技术措施。
5、病虫害防治
预防为主，综合防治，统防统治。
6、肥水管理
辣椒在水肥管理上要根据营养特性进行肥水管理。即辣椒在封垄前以营养生长为主，在水肥管理上要促控结合，促早发稳长，多分枝多开花，墩实茁壮。
