第2代杂交种、在水泥场上晒过的种子、喷过乙烯利的作物的种子、与农药化肥一同存放的种子、机械损伤过重的种子均不宜留种。
第2代杂交种：2代杂交种杂交优势减退，产量低，不能继续留种。
在水泥场上晒过的种子：水泥地面温度高，种子的生理机能遭到破坏，会变成哑种子。
喷过乙烯利的作物的种子：乙烯利能缩短植株自然生长期，导致种胚发育不全。
一、哪类种子不宜留种
1、第2代杂交种
便产生性状分离现象，生长不一致，杂交优势减退，产量降低，因此生产上杂交种子只能用一年，不能继续留种。
2、在水泥场上晒过的种子
在水泥地上晒种，特别是含水量高的棉种或稻种，因为地面温度高，种子呼吸作用旺盛，体现人生理机能受到破坏，部分种子会变成“哑种子”（即种胚受热致死），完全失去发芽能力。
3、喷过乙烯利的作物的种子
（1）乙烯利是一植物生长调节剂，容易被植物吸收，进入到植物的茎、叶、花、果细胞中。进入植物细胞后，经分解，逐渐释放也乙烯，对植物具有生长、发育和代谢生产调节作用，使作物增产、增收。
（2）但是用喷过乙烯利的作物种子做种，例如：乙烯利催熟处理过的辣椒、番茄、西瓜和甜瓜等种子，则是有害无益的。这是由于用乙烯利催熟缩短了农作物的自然成熟期，造成种胚发育不全，会严重影响种子发芽率。
4、与农药化肥一同存放的种子
有的农户习惯将种子与农药化肥存放在一起，因为农药与化肥均会散发有毒有害气体，破坏种子正常的生理机能，会大大减弱种子的发芽能力，影响出苗率。
5、机械损伤过重的种子
如精加工包衣的棉种中，机械损伤率应控制在2%以内。破籽率超过2%的棉种，易受浸染，对发芽率影响非常大，不宜作种用。
二、如何避免种子发热
1、种子仓库应选择地势高燥，地下水位低，向阳背风的地方，仓库要具备一定的防潮和隔热性能，即能密闭保持低温干燥，又能通风，防温散湿。
2、种子含水量愈低，呼吸愈弱。在种子贮存前，应晾晒、扬净并严格检验，使其含水量、净度等，达到贮存标准后，才可以入库贮存。如因天气不好等原因，没有晾晒，在种子入库后，应进行强烈通风，使种子含水量下降。
3、种子后熟期间，呼吸旺盛。因此，在种子入库贮存前，应晾晒，以促使其后熟作用提前完成；对后熟作用时间较长的作物种子，入库贮存初期，应进行强烈通风，以降温散湿。
4、种子曝晒后应摊晾降温，再入库贮存，以免造成种子温度过高，增强呼吸，或因仓库与种子温差大，而出现水分再分配现象，造成种子吸湿返潮。
5、在种子贮存期间，应加强对仓库温湿度的检查。如有异常现象，应选择晴朗天气，及时通风换气，降温散湿，并查明原因，及时采取措施。
6、在种子贮存期间，还应加强对种子温度、含水量和害虫的检查。有异常现象，应及时采取措施。如通风换气、深耙种子堆表面、翻仓倒囤、晾晒除杂等，以散潮降温。采用曝晒、冷冻等方式，恶化害虫和微生物生存条件，同时也能直接杀死害虫和微生物。如虫害较严重或不易翻仓倒囤进行晾晒，可用磷化铝或磷化氢等农药防治。
